1984年，为解决个旧矿工肺癌问题，云南省人民政府批准建立省肿瘤医院，作为昆明医学院附属医院。1992年医院正式开诊。2021年获批国家肿瘤区域医疗中心项目，2024年6月北京大学肿瘤医院云南医院（国家肿瘤区域医疗中心）在医院揭牌成立。医院是云南省集医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等肿瘤专科医院

医院宗旨：一切以病人为中心，全心全意为肿瘤患者服务。医院愿景：肿瘤患者以我们为首选，我们为肿瘤患者谋福祉。医院目标：成为西部一流，并对周边国家和地区有一定影响的高水平肿瘤专科医院。医院功能任务：云南省肿瘤疾病预防、诊断治疗、高层次肿瘤专业人才培养、肿瘤防治科学研究中心。医院中长期发展规划：医院十二五