1984年，为解决个旧矿工肺癌问题，云南省人民政府批准建立省肿瘤医院，作为昆明医学院附属医院。1992年医院正式开诊。2021年获批国家肿瘤区域医疗中心项目，2024年6月北京大学肿瘤医院云南医院（国家肿瘤区域医疗中心）在医院揭牌成立。医院是云南省集医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等肿瘤专科医院，承担着肿瘤防治研究、人才培养及肿瘤学术交流任务。拥有云南省癌症中心、云南省肿瘤诊疗质控中心等12大医疗中心，是国家卫生健康委癌症早诊早治基地，云南省肿瘤继续教育基地，云南省肺癌国际合作示范基地，国家药物临床试验（肿瘤学）机构。
医院主院区占地面积79亩，总建筑面积24.6万平方米，设有31个临床科室，12个医技科室，编制床位1498张；在建癌症中心项目位于主院区北侧，占地24亩，设置床位693张，预计2026年投入使用；在建自贸院区位于经开区，总占地面积119亩，总建筑面积13.5万平方米，设置床位600张，预计2025年投入使用，届时总床位将达到2932张；二期预留50亩用于后期建设质子重离子中心。医院配置有达芬奇手术机器人、术中放疗、射波刀、PET-MR、PET-CT等一批国际先进的诊疗设备，肿瘤诊疗技术处于云南省的领先水平。
医院现有职工2754人，具有博士学历186人，硕士学历724人，高级职称414人。有长江学者特聘教授1人、国家杰青1人、中组部万人计划领军人才2人，国家百千万人才工程2人、“国贴”7人、全国优秀科技工作者2人；“兴滇英才支持计划”个人专项89人次、团队专项10个；入选“省突”“省贴”24人次，云南省中青年学术和技术带头人、云南省中青年学术和技术带头人后备人才、技术创新人才33人。
近年来，医疗业务快速增长，各项业务指标保持了持续向好的态势，2024年总诊疗人次首次突破100万，同比增长26.90%，手术台次3.27万台，同比增长0.93%，手术占比34.41%，同比增长3.09%，四级手术占比为50.93%，同比增长2.04%。CMI值1.2996，昆明地区以外患者比例81.57%，较上一年度实现较大增长。肺部、乳腺、结直肠、胃恶性肿瘤手术量居全省第一。
医院已建立起诊断技术先进、治疗手段完善的肿瘤预防、肿瘤筛查、肿瘤疾病诊疗专科体系，肿瘤科、胸外科、胃肠外科3个专科和乳腺科、妇科（妇科肿瘤）、放射治疗科等17个专科获批国家级、省级临床重点专科。获批肺癌、肝癌等12个国家级单病种规范诊疗质量控制试点单位及云南省重大疑难疾病中西医临床协作试点建设项目（肺癌）。分子诊断中心、医学检验科通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）的评审与考核，具备干细胞临床研究备案机构资质。
2018年医院成立云南省唯一一家以实体医院为基础的互联网医院——云南省肿瘤医院互联网医院，积极探索互联网诊疗服务新模式，为更多患者解决看病难问题。作为全国肿瘤专科联盟单位，云南省肿瘤专科联盟理事长单位，联盟单位已达165家，同时与多所三级医院和县级医院建立了远程医疗服务协作关系。2024年，作为20家创始成员单位之一加入“中国肿瘤临床研究医学伦理审查互认联合体”。
医院有6个重点实验室，10个省级创新团队，10个研究中心，3个院士工作站、9个专家工作站，是昆明医科大学第三附属医院博士后科研工作站。近五年累计科研立项755项，发表SCI、北大核心期刊等高水平论文900余篇，发明专利14项。近五年，科研获奖总数为22项，省级科技进步特等奖1项，一等奖等奖励共8项；厅级奖项共13项。
作为昆明医科大学的直属附属医院，有12个教研室，博士生导师40人、硕士生导师223人，利用“专科医院与综合医院互补教学联盟”模式“贯通式”培养临床医学专业学生，是国家级一流本科临床医学专业建设点；是国家级住院医师规范化培训基地，有放射肿瘤科、临床病理科2个专业；形成了本、硕、博、毕业后教育、继续医学教育、留学生培养的人才培养体系。
作为国家区域医疗中心建设项目单位，医院主动服务和融入国家发展战略，积极拓展对外交流及服务能力，收治患者80%以上来自昆明以外地区和国家，大量收治了贵州、四川、广西、西藏等周边省份和自治区患者，越南、缅甸、老挝等国家患者也前来就诊。
作为现代医院管理制度试点医院，医院不断推进治理体系、治理能力现代化建设，综合实力、核心竞争力、信息化水平得到大幅提升。通过国家卫健委智慧管理分级评估二级、电子病历系统功能应用水平五级、互联互通标准化成熟度四级甲等、智慧服务三级评审。先后荣获了全国癌症防治先进集体、全国百姓放心示范医院、全国百姓放心百佳示范医院、全国人文爱心医院、全国表现突出的省级质控中心、全国卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作先进集体、全国巾帼文明岗、云南省卫生健康先进集体等荣誉。
未来，医院将秉承“一切以病人为中心，全心全意为肿瘤患者服务”的宗旨，遵循“仁于心 勤于业 精于术”的院训，努力建成西部一流、全国领先、辐射南亚东南亚的高水平肿瘤医学高地。
